Осторожно спойлер:
Посередине киносюжета эроаниме «Коппелион» разыскиваются три девушки - Ибуки, Аой и Сион, которые представляют собой частично категорию «Коппелион». Действие разворачивается в постапокалиптическом Токио, где ядерная трагедия привела к тому, что город стал непригодным для жизни. Женщины обладают уникальными способностями, что делает их способными выживать в этом рискованном мире. Летопись начинается с того, что группа получает задание отправиться в заброшенное Токио, чтобы обнаружить и спасти уцелевших людей, которые остались после катастрофы.
На протяжении сюжета героини сталкиваются с множеством препятствий. Они исследуют пустынные улицы, ищут следы жизни, но наталкиваются на опасности, скрывающиеся в руинах. Каждая из них по-своему реагирует на ужас, окружающий их, и эти реакции приводят к конфликтам внутри группы. В ходе поисков женщины встречаются с различными группировками, которые обитают в этом безжалостном мире, и им необходимо принимать трудные решения о том, кому можно доверять.
Помимо внешних угроз, сюжет акцентирует внимание на внутреннем обществе героинь. Их отношения подвергаются испытаниям, и каждая из них ищет ответы на вопросы о себе и своем месте в этом новом мире. Их путешествие наполнено факторами личной трагедии и открытий, что делает ситуацию многослойной. Постепенно они начинают понимать, что спасение порой заключается не только в физическом выживании, но и в способности сохранить человечность среди разрухи.